Đề cập đến những ngôi chùa Huế trong lịch sử, sách Ô châu cận lục của Dương Văn An ở mục "Phong tục tổng luận" có kể nhiều chùa nhưng đa số là ở Tiên Bình (Quảng Bình ngày nay). Tại Thuận Hóa (bấy giờ là Quảng Trị và Thừa Thiên Huế hiện nay) thì chỉ nói đến chùa Dã Độ làng Dã Độ, huyện Triệu Phong ngày nay, chùa Thiên Mỗ ở phía nam xã Giang Đạm, huyện Kim Trà, chùa Sùng Hóa ở làng Triêm Ân, huyện Tư Vinh là một quốc tự, chùa Tư Khách ở cửa Tư Khách (tức là cửa Tư Dung, nay là cửa Tư Hiền). Tất cả đều được tác giả dùng hai chữ chùa xưa hay chùa cổ. Các chùa lớn thời này đã có đặt một chức quan coi giữ chùa gọi là Tự chính, không thấy nói đến các nhà sư, cách tu hành và không có tăng trú trì như về sau...

Năm 1558, khi Nguyễn Hoàng vào trấn đất Thuận Hóa và các chúa Nguyễn tiếp theo muốn xây dựng một xứ Ðàng Trong biệt lập với triều đình vua Lê - chúa Trịnh ở phía Bắc, thì các hoạt động văn hóa xã hội được thúc đẩy và chùa được xây dựng nhiều để làm chỗ sinh hoạt tinh thần. Năm Tân Sửu (1601), Nguyễn Hoàng cho sửa chùa Thiên Mụ và năm sau (1602), chúa cho sửa chùa Sùng Hóa và mở hội Đại pháp ở chùa nàyKhi nhà Trịnh tiến chiếm Phú Xuân và nhất là thời Tây Sơn, Phật giáo xứ Thuận Hóa rơi vào tình trạng đồi phế. Mãi đến khi Gia Long lên ngôi trở về sau, các chùa ở vùng Thuận Hóa mới lần hồi được sửa sang và trùng hưng.

Kể từ thời vua Gia long (1802) cho đến Duy Tân (1916) chùa chiền ở vùng Huế phát triển mạnh. Ngoài việc trùng tu, tái thiết và sửa chữa nhiều chùa cổ vua còn cho xây dựng thêm như chùa Giác Hoàng (dựng năm Minh Mạng thứ 2) mà vua Thiệu Trị có là bài thơ "Giác Hoàng Phạn ngữ" để ca ngợi tiếng tụng Kinh ở chùa này. Đến ngày 14-6-1885 chùa bị triệt bỏ, hiện còn dấu tích là Tam Tòa.

Một số ngôi chùa lớn ở Huế được xây dựng, lần lượt theo thời gian có thể kể đến là: Thiên Mụ (1601), Báo Quốc (1674), Từ Ðàm (1683), Thuyền Tôn (1709), Từ Hiếu (1843), Diệu Ðế (1844), Phước Thọ Am (1831), Trúc Lâm (1909)...

Trái lại, cũng có rất nhiều chùa danh tiếng vào thời cổ đã bị bỏ phế, hoang tàn một độ rồi mất luôn dấu tích như chùa Sùng Hóa, chùa Kim Quang, chùa Tây Thiền, chùa Huệ Minh, chùa Trấn Hải; chùa Bạch Vân, chùa Diên Thọ, Linh Hựu Quán, chùa Ngọc Sơn…